员工罚款不在应纳税所得税扣除，员工被公司罚款是个人所得税税前扣除的。税前扣除项目主要包括：与取得收入有关的、合理的、实际发生的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。